Moguće ozbiljne kožne reakcije (Stevens-Johnson-ov sindrom, toksična epidermalna nekroliza, DRESS, AGEP). Lek može maskirati simptome drugih bolesti. Potrebna je pažljiva kontrola kod dugotrajne primene (duže od godinu dana) zbog rizika od fraktura i smanjenja resorpcije vitamina B12. Moguće zapaljenje bubrega. Potrebno je obavestiti lekara o novim simptomima ili neobičnim okolnostima. Kod dece sa hroničnim oboljenjima dugotrajna terapija nije preporučena. Ne koristiti kod dece mlađe od 1 meseca.
Kada se lek ne sme koristiti
Alergija na omeprazol ili pomoćne supstance leka, alergija na druge inhibitore protonske pumpe, istovremena primena leka koji sadrži nelfinavir.